Die Gründung des Schlosses wird Ritter Ulrich von Liebenfels zugeschrieben, dessen Familie für ihre Loyalität zum Haus Habsburg bekannt war. Die ursprüngliche Anlage bestand aus einem massiven Bergfried, einer Ringmauer und einem bescheidenen Palas. Im Laufe der Jahrhunderte erfuhr das Schloss zahlreiche Umbauten und Erweiterungen, die seine heutige prachtvolle Erscheinung prägten.

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​Als Sitz der Herren von Liebenfels, die Konstanzer Ministerialien waren, war die Schlossburg immer wieder Zentrum politischen Geschehens. Hungersnöte und Fehden führten zwischen 1343 und 1395 zu Vermögensverfall; die Pest entvölkerte weite Teile der Gegend. 1395 verkaufte Hermann I. Schloss Liebenfels an den wohlhabenden Heinrich von Tettikofen. Der politisch begabte, einflussreiche Hans Lanz, der „Allmächtige Minister der Bischöfe von Konstanz“, heiratete Tettikofens Tochter Anna, was ihn in den Besitz der Schlossburg brachte. Zuständig für das „Konzil von Konstanz“ (1414–1418) bereitete er zusammen mit den Kardinälen im Rittersaal von Liebenfels die grosse Versammlung der Kirchenführung vor. Auf der Höhe ihrer Macht erhielten die Lanzen von Liebenfels durch Kaiser Friedrich III. Titel und Wappen der „Ritter von Liebenfels“. Nach weiteren Hungersnöten und Epidemien und dem erneuten Vermögensverfall veräusserten die Freiherren von Liebenfels die Herrschaft dem württembergischen Edelmann Hans Christoph von Gemmingen. Zu seiner Zeit als Schlossherr auf Liebenfels liess von Gemmingen verschiedene Baumassnahmen wie etwa den teilweisen Überbau des gegen das Vorwerk gewandten Vorhofes und den massiven Anbau nach Süden mit seinen gewölbten Kellern aufrichten. Der Dreissigjährige Krieg ab 1618 mit dem schwedischen Angriff auf Konstanz brachte wiederum Mangel und Armut. 1654 verkauften die Erben des kinderlosen Sohnes Johann von Hans Christoph von Gemmingen Liebenfels an das reiche Zisterzienserkloster St. Urban im Kanton Luzern. Die Besetzung des Schlosses durch napoleonische Truppen 1798 führte zu einer Belastungsprobe für die klerikalen Schlossherren. Gewalttätige Husaren plünderten den Weinkeller, stahlen das Gold und zerschlugen den neuen Altar der Schlosskapelle. Nach dem Abzug der Franzosen anerkannte der Wiener Kongress die Strukturen der Eidgenössischen Schweiz und ihren Anteil am südlichen Bodenseeufer. Sie erhielt territoriale Integrität mit dem Status der „immer währenden Neutralität“. 1848 kaufte der aus Deutschland emigrierte, politisch verfolgte Professor Adolf Ludwig Follen (1794–1855), ein Förderer von Gottfried Keller und anderen grossen Dichtern, die Anlage und verhalf ihr zu neuer Blüte. Seit dieser Zeit ist Liebenfels in Privatbesitz. Der auf ihn folgende Schlossherr war der Zürcher Fabrikant Kaspar Bebie; später erstand die Zürcher Banquierfamilie Bodmer den gesamten Weiler mit 50 Hektaren Ländereien.

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Nach 1948 war das Schloss unbewohnt. Im Jahr 1991 ging Schloss Liebenfels in den Besitz der heutigen Eigentümerfamilie über. Seitdem widmen sie sich mit grossem Engagement der Erhaltung und behutsamen Modernisierung des historischen Anwesens. Unter ihrer Obhut wurden wichtige Restaurierungsarbeiten durchgeführt, darunter die Wiederherstellung der barocken Schlosskapelle und die Konservierung der wertvollen Fresken im Rittersaal. Ihr Einsatz für den Erhalt dieses kulturellen Erbes trägt massgeblich dazu bei, dass Schloss Liebenfels auch für zukünftige Generationen als eindrucksvolles Zeugnis schweizerischer Geschichte und Architektur erhalten bleibt.​